Wahid Foundation resmi didirikan pada tanggal 7 September 2004, dalam sebuah acara peluncuran yang diadakan di Four Seasons Hotel di Jakarta. Saat itu, dunia masih merasakan luka dan kepanikan akibat tragedi 11 September 2001 di New York, dan Indonesia sendiri tengah mengalami berbagai konflik komunal yang dipicu oleh perselisihan berdasarkan agama dan etnis.

Misi yang diusung oleh Wahid Foundation sangat erat kaitannya dengan visi intelektual dari Gus Dur, yakni mantan Presiden Indonesia yang dikenal sebagai pemimpin yang mempromosikan pluralisme, multikulturalisme, demokrasi, serta hak asasi manusia yang diilhami oleh nilai-nilai Islam. Yayasan ini berkomitmen untuk memperjuangkan dunia yang penuh kedamaian dan keadilan, dengan memperluas pandangan Islam yang bersifat toleran dan moderat serta berusaha untuk mewujudkan kesejahteraan bagi semua individu.

Wahid Foundation merupakan sebuah lembaga yang berkomitmen untuk membantu mewujudkan cita-cita Gus Dur dalam membangun masyarakat Indonesia yang harmonis dan adil, yang diwarnai oleh prinsip-prinsip universal seperti pluralisme, demokrasi, dan toleransi, yang diilhami oleh nilai-nilai Islam.