Universitas Muhammadiyah Purwokerto merupakan transformasi dari IKIP Muhammadiyah Purwokerto, yang didirikan pada 5 April 1965. IKIP Muhammadiyah Purwokerto adalah afiliasi dari IKIP Muhammadiyah Surakarta. Pada tahun 1968, IKIP Muhammadiyah Surakarta Cabang Purwokerto menjadi mandiri dengan nama IKIP Muhammadiyah Purwokerto.

Pada tanggal 26 Juli 1995, berdasarkan SK Dirjen Dikti Depdikbud No. 345/DIKTI/Kep/1995, IKIP Muhammadiyah Purwokerto berubah menjadi Universitas Muhammadiyah Purwokerto. Hingga tahun 1995, universitas ini memiliki enam fakultas, termasuk FKIP, Fakultas Agama Islam, Fakultas Ekonomi, Fakultas Pertanian, Fakultas Perikanan, dan Fakultas Teknik. Kemudian, pada tanggal 8 April 1998, dengan SK Dirjen Dikti Depdikbud RI No. 113/DIKTI/Kep/1998, Universitas ini membuka Fakultas Psikologi. Pada tahun akademik 2000-2001, dengan SK Dirjen Dikti Depdikbud RI No. 226/DIKTI/Kep/2000 tanggal 13 Juli 2000, tiga fakultas baru dibuka, termasuk Fakultas Sastra, Fakultas Hukum, dan Fakultas Farmasi.

Hingga tahun 1995, beberapa program studi setingkat fakultas telah dibuka, seperti Program Studi Keperawatan (D III) dan Program Studi Sanitasi/Kesehatan Lingkungan (D III). Pada tahun 2003, Program Akta Mengajar (Akta IV) dibuka, sementara tahun 2004 melihat pembukaan tiga program studi sekaligus, termasuk Program Studi Keperawatan (S1), Pendidikan Guru Taman Kanak-kanak (D II), dan Program Profesi Apoteker. Pada tahun 2005, tiga program studi, yaitu program studi Keperawatan S1 dan D-III, serta program studi Sanitasi/Kesehatan Lingkungan digabung dalam satu fakultas baru, yaitu Fakultas Ilmu Kesehatan.